À medida que o tempo corria, a liderança natural de FLEURY ia se firmando entre seus colegas. Foi eleito, sucessivamente, 1.° Vice-Presidente da Associação Paulista do Ministério Público(80/82), 1.° Vice-Presidente da Confederação Nacional do Ministério Público (81/83), Presidente da associação Paulista do Ministério Público (82/84 e 84/86) e Presidente da Confederação Nacional do Ministério Público (83/85 e 85/87 e 87/89). Nunca perdeu uma eleição. 

          Em março de 1987, assumiu a Secretaria da Segurança Pública de São Paulo e, em apenas três anos conseguiu um resultado absolutamente inédito: quando assumiu, a questão da segurança era a primeira preocupação dos paulistas, no final de sua gestão, passara para o quinto lugar.

          Esse resultado foi fruto de um extraordinário elenco de realizações e de uma melhoria do policiamento que se tornou evidente no dia-a-dia. Acrescente-se vários episódios marcantes, como o caso Abílio Diniz, onde se viu o desmantelamento de uma quadrilha internacional de seqüestradores, e o nome de Fleury despontou naturalmente como candidato ao governo do Estado.

          Escolhido pelos votos de 7.480.703 paulistas, tomou posse em 15 de março de 1991. Nos quatro anos seguintes, apesar da grave crise econômica que dominava a economia brasileira, desenvolveu um dos governos mais realizadores do Estado de São Paulo. Para dar apenas o exemplo da segurança, no final de sua gestão, a preocupação com esse tema passara de quinto para oitavo lugar. ( No governo seguinte, voltou para o primeiro lugar).

          A sobrecarga de trabalho na Secretaria , muitas vezes avançando por sábados e domingos, iria se acentuar no governo do Estado. (Um cálculo minucioso efetuado com base nos compromissos de sua agenda, revela que , contando audiências, reuniões, entrevistas, estudo de documentos, despachos e eventos, o governador Fleury trabalhou em média 12 horas e vinte e dois minutos por dia). Com tudo isso, o tempo para o lazer ficou mais curto. O próprio convívio com os filhos foi sacrificado. O cinema familiar e o tradicional futebol com os rapazes, no domingo, ficaram de lado. Para compensar, Fleury valorizava muito todos as momentos que conseguia passar junto à família , procurando conversar sobre tudo, sem deixar questões importantes de lado. Todos sabiam, além disso, que aquela era uma situação excepcional de duração determinada. Terminado o governo, a família mudou-se do Palácio do Bandeirantes para uma casa alugada no bairro do Pacaembu, onde voltou à vida simples de antes, sem protocolo nem cerimonial. Fleury abriu um escritório de advocacia, resolvido a dedicar-se com afinco à profissão. Teve muito êxito em suas causas, pois sempre foi apaixonado pelo Direito e é um excelente profissional, mas nem por isso se recolheu inteiramente à vida privada.

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